يعتمد المنهج الدّراسيّ في المرحلة الأساسيّة المتوسّطة على النّظريّة البنائيّة في التّعلّم. فهو يتمحور حول الطّفل، ويؤكد على الاستكشاف، والتّعلّم النّشط، كما يهدف إلى الموازنة بين تدريس المهارات الأكاديميّة وتطبيق هذه المهارات المُكتسبة في مواقف حياتيّة حقيقيّة مع توفير مساحة للإبداع.
يّتبع منهاج مدرسة عمّان الوطنيّة كفايات وزارة التّربية والتّعليم الأردنيّة بطريقة تناسب فلسفة المدرسة واحتياجات الطلبة. يتيح البرنامج من خلال تركيزه على الرّعاية النّفسيّة، واستخدام أساليب تدريس متنوّعة تناسب الاحتياجات المختلفة، فرصًا لطلابنا لبناء الثّقة بأنفسهم، وممارسة الانضباط الذّاتيّ، أثناء تطويرهم للقيم والسلوكيّات الإيجابيّة، كما يركّز المنهاج على تنمية القدرة الإبداعيّة، والتّواصل، والتّفكير النّقديّ، ومهارات حّل المشكلات، وتفعيل التعلّم القائم على المشاريع.
يتعلّم الطّلبة باللّغة العربيّة بشكل أساسيّ، حيث أثبتت الدّراسات أنّ الأطفال يفكرون ويتعلّمون بشكل أفضل باستخدام لغتهم الأم، كما يتمّ تدريس برنامج لغة إنجليزيّة متطوّر يوميًّا. تُؤمن المدرسة أن تعلّم اللغة يتم من خلال الانغماس فيها، ويتحقق ذلك من خلال تعريض الطلبة لخبرات لغويّة مختلفة من خلال ورشات القراءة والكتابة باللّغتين العربيّة والإنجليزيّة، حيث تتضمن هذه الورشات الاستماع إلى أدب الأطفال، والأشعار، وقراءة قصص مختلفة، وكتابة أجناس كتابة إبداعيّة متنوعة. كما ويمارس الطّلبة التّواصل باستخدام لغة سليمة من خلال النّقاشات الصّفيّة، والأعمال الدّراميّة، وحفلات الشّعر والعروض التّقديميّة. من خلال هذه المشاريع يمارس الطّلبة مهارات البحث والتخطيط والتّصميم والتّوثيق والتأمّل.
يستخدم منهاج الرياضيّات مصادر وأساليب تدريس مختلفة تركزّ على استيعاب المفاهيم الرّياضيّة وإعطاء فرص متعدّدة للتدرّب على المهارات الحسابيّة من خلال الألعاب، والنّشاطات، وأوراق العمل وربطهم بمشاكل حياتيّة حقيقيّة.
تتمحور وحدة البحث حول مادتي العلوم والاجتماعيّات. في هذه الوحدات يستكشف الطّلبة مفاهيم من خلال علاقات مختلفة تربط بين المادتين. ففي وحدة الطّاقة مثلا يتعلّم الطّلبة عن الطّاقة المتحركة والساكنة ومصادرها، ويدرسون أثر استخداماتها على البيئة. يشارك الطّلبة في إنجاز مشاريع طويلة الأمد كتصميم وبناء غواصات، وإنشاء متاحف تاريخيّة وكتابة أدلة، وتأليف مسرحيات. يتم تقديم العلوم باللّغة الإنجليزيّة في الصفّ الخامس لتعزيز المصطلحات العلميّة لدى الطّلبة.
يشارك الطلبة في حصص الموسيقى والفن والدراما حيث يعبّرون عن أنفسهم بطرق إبداعيّة متنوّعة، كما ويمارسون الرياضة البدنيّة للمحافظة على صحتهم، ولتنمية مهاراتهم الجسديّة.
يتم تقديم حصص التّصميم هذه المرحلة، حيث يتبع الطلبة خطوات دورة التصّميم لإنشاء مُنتجات رقميّة وفعليّة. كما ويتعلّم الطّلبة أيضًا في هذه المرحلة الطّباعة باللغتين الإنجليزيّة والعربيّة.
يشارك الطّلبة في عناقيد الإثراء حيث يعمل الطّلبة في مجموعات صغيرة، من صفوف وأعمار مختلفة، على عنقود من اختيارهم. تتنوع مواضيع العناقيد لتتناسب مع ميول الطّلبة واهتمامهم، مثل: الفنون الأدائية، والإلكترونيّات، والصّحافة، والتّصوير، والاوركسترا، الطبخ وغيرها.